土地稅法第52條代為扣繳土地增值稅的問題

最近閱讀土地法規時，遇到難以弄懂的問題，有請地政或相關領域高手幫忙解惑。感謝！

緣由:
一、依據土地稅法第39條及39條之1規定，被徵收之土地、區段徵收之土地，免徵土地增值稅。
二、然而，同法第52條又規定，經徵收或收買之土地，該管直轄市、縣(市)地政機關或收買機關，應檢附土地清冊及補償清冊，通知主管稽徵機關，核算土地增值稅..............於發放價款時代為扣繳。
三、復依平均地權條例第11條規定，依法徵收或照價收買之土地為出租耕地時，除由政府補償.........，並應由土地所有權人，以所得之補償地價，扣除土地增值稅後餘額1/3，補償......。前述補償承租人之地價，應由主管機關於發放補償或依法提存時，代為扣交。

請問:既然依規定被徵收之土地免繳土地增值稅，那為何土地稅法及平均地權條例還會規定代為扣繳?何故?

解答

最佳解答:
實言之，這就是我國立法技術不良，而使人民對於條文無法理解其意思之展現，又該土地稅法及平均地權條例之規定，實屬於公部門內部之稽徵行政程序，因此則分別就該兩法規建議如下:

首先，按土地稅法稽徵程序之規定，經徵收或收買之土地，該管直轄市、縣 (市) 地政機關或收買機關，應檢附土地清冊及補償清冊，通知主管稽徵機關，核算土地增值稅及應納未納之地價稅或田賦，稽徵機關應於收到通知後十五日內，造具代扣稅款證明
冊，送由徵收或收買機關，於發放價款或補償費時代為扣繳。
所以說，諸如，土地一經徵收後，地政機關應通知稽徵機關來核算土地增值稅，而經稽徵機關核算造具"代扣稅款"證明清冊後，始送徵收機關來為發放土地徵收價款時之數額依據。
備註:代扣稅款"並不等於"應徵稅款。

次者，再依據平均地權條例之規定，依法徵收或照價收買之土地為出租耕地時，除由政府補償承租人為改良土地所支付之費用，及尚未收穫之農作改良物外，並應由土地所有權人，以所得之補償地價，扣除土地增值稅後餘額之三分之一，補償耕地承租人。
詳言之，該條例規定應由土地所有權人，以所得之補償地價，扣除土地增值稅後餘額之三分之一，補償耕地承租人。其實，該扣除土地增值稅，也只是一個計算補償之標準而已，並非已經獲得補償而又須繳納土地增值稅。

最後，上面的見解祈望能有所助。