要過戶房屋時發現是違建.....

父親近來身體不佳，想在走之前把目前住的房子土地都過戶給我，我在辦理時才發現房子飾在921地震時全倒重蓋的，蓋的時候老人家並沒有申請建照就直接給他蓋下去了，然後我要申請門牌時又發現，現在的房子後面有一小部分是公有地，現在的問題是:
要申請房屋所有權狀的話就得讓地政的人來勘查鑑定，後面公有地的部分屬於違建，會不會被強制拆除?若是只過戶土地，房子不去管它，將來老人家走後房子部分會不會和其他繼承人有產權糾紛?

更新: 我現在要知道的是:在我擁有土地所有權，但房屋並無申請權狀(就是沒申請建照就蓋的啦)的情況下，以後老人家走了房子本身會不會產權糾紛?還是就直接屬於土地所有人?
第一個回答我看了一下應該是說是屬於所有繼承人的對吧?!第二個卻說沒有權狀就沒有啥可爭的不屬於老人家的財產範圍；那到底是哪個對????

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最佳解答:
建議如下:

一.申請房屋所有權狀時，依程序法規定，是要讓地政機關的專業人員來進行勘查鑑定，無誤。
而再就後面屬於公有地的部分，在從嚴認定下，應該是屬於"占用"才是，因此，尚構不成強制拆除之虞。

因為，依據民法規定，對於物(該房屋)有事實上管領之力者，為占有人。又依據同法規定，善意占有人(九二一地震)於推定其為適法所有之權利範圍內，得為占有物之使用、收益。

二.至於該房子之歸屬，於將來該所有權人老人家走後，其繼承人對於該房子還是擁有繼承之權利。
也就是說，一旦，繼承人間對於該遺產有不睦之情形產生者，也自然的，則會演變成為繼承人間之糾紛。

2015-04-14 15:08:25 補充：
第一，該房子，繼承間若不為協議者，還是屬於被繼承人之遺產，當然還是會有糾紛之衍生才是。

第二，該房子就算無權狀，也只是無經保存登記而已，但仍然是屬於遺產之一，甚無疑義。